隨著互聯網、電子簽名技術的飛速發展，企業電子印章在線簽署已經在越來越多的企業文件簽署業務中應用，解決線上線下流轉麻煩及紙質簽署管理效率低，風險大等問題。那么，企業電子印章在線簽署是如何保證合同簽署安全的，也成了企業關注的焦點。

首先，根據《電子簽名法》規定，可靠電子簽名才具有與手寫簽名或蓋章同等的法律效力，而可靠電子簽名需滿足“真實身份、真實意愿、原文未改、簽名未改”的條件，因此，首先是確保電子印章的安全有效，電子印章需要第三方認證機構提供認證服務，即CA機構，確保每一個電子印章都應有獨特的數字證書，保障印章的真實身份。

其次，在簽署電子合同前，簽署各方主體需要進行身份認證，確保其為合同的真實當事人。這通常涉及到企業營業執照、法人或授權人身份證，運營商認證等多重驗證手段。

最后，合同簽署過程有記錄及存證，第三方電子合同簽約平臺或系統為確保簽約過程及數據存儲安全，使用了區塊鏈、時間戳、哈希、加密傳輸等技術手段，對合同簽署過程數據固化加密，上鏈存證，保全證據鏈，確保了合同簽署及存儲過程，不被篡改，保障電子合同數據具有法律效力。

此外，企業自身的安全意識也是關鍵。企業應定期對員工進行安全培訓，提高其對電子印章安全性的認識，并建立起相應的內部管理制度和流程。